Botaniska trädgården, Linnéträdgården och Linnés Hammarby utgör tillsammans Uppsala linneanska trädgårdar och är en del av Uppsala universitets musik och museer, en avdelning inom universitetsförvaltningen vid Uppsala universitet. Verksamheten drivs av Uppsala universitet med bidrag från Uppsala kommun.
De linneanska trädgårdarna har en rådgivande direktionsgrupp som består av representanter från Uppsala universitet och Uppsala kommun.

